ในสมัยกรุงศรีอยุธยาต้อนต้น การปกครองคณะสงฆ์ยังคงเป็นไปตามแบบอย่างการปกครองคณะสงฆ์ในสมัยสุโขทัย กล่าวคือ คณะสงฆ์แบ่งเป็น 2 คณะ ได้แก่ คณะคามวาสี กับ คณะอรัญวาสี สิ่งที่แตกต่างกันออกไปก็คือ กรุงศรีอยุธยามีคณะสงฆ์ใหม่เพิ่มขึ้นอีก 1 คณะ เรียกว่า คณะป่าแก้ว การก่อตั้งคณะสงฆ์ใหม่นี้ได้รับอิทธิพลจากลังกาเช่นเดียวกับการปรากฎของคณะอรัญวาสีในสมัยสุโขทัยรายละเอียดของการก่อตั้งคณะป่าแก้วได้รับการบันทึกไว้ในหนังสือตำนานโยนก ซึ่งมีสาระพอสรุปได้ดังนี้
ในยุคต้นกรุงศรีอยุธยา คณะอรัญวาสีซึ่งสืบประเพณีมาจากพระสงฆ์ลังกาวงศ์เจริญแพร่หลายนำหน้าคณะคามวาสีที่สืบประเพณีมาจากพระสงฆ์นิกายเดิมของสุโขทัยจำนวนพระสงฆ์คณะคามวาสีลดน้อยลงทุกที ใน พ.ศ. 1965 พระสงฆ์จากคณะนี้ 10 รูป จากกรุงศรีอยุธยา เชียงใหม่และกัมพูชา ได้พาพระสงฆ์อีกหลายรูปไปประเทศลังกาและบวชแปลงใหม่เป็นสิงหลนิกาย โดยมี พระวันรัตนมหาเถระ เป็นพระอุปัชฌาย์ ใน พ.ศ. 1967 แล้วศึกษาพระธรรมวินัยอยู่ในลังกาหลายปี เมื่อเดินทางกลับกรุงศรีอยุธยาได้นิมนต์พระมหาเถระชาวลังกา 2 รูป คือ พระมหาวิกรพาหุ และ พระอุดมปัญญา ให้ร่วมเดินทางมาเผยแพร่ศาสนาในประเทศไทย เมื่อเดินทางถึงกรุงศรีอยุธยาแล้ว พระสงฆ์เหล่านั้นได้แยกย้ายกันเผยแพร่พุทธศาสนาจนมีผู้เลื่อมใสศรัทธาขออุปสมบทเป็นพระภิกษุจำนวนมาก จนในที่สุดได้แยกออกมาตั้งคณะสงฆ์ใหม่เรียกว่า คณะป่าแก้ว เพราะพระอุปัชฌาย์ชาวลังกาของคณะนี้มีชื่อว่า วันรัตน ซึ่งแปลว่า ป่าแก้ว วัดต่างๆที่พระสงฆ์คณะนี้อยู่พำนักมีชื่อต่อท้ายว่าคณะป่าแก้ว เช่น วัดไตรภูมิคณะป่าแก้ว วัดเขียนคณะป่าแก้ว
รวมความว่า ตลอดสมัยกรุงศรีอยุธยาเป็นราชธานีการปกครองคณะสงฆ์แบ่งเป็น 3 คณะได้แก่
1.คณะคามวาสีฝ่ายซ้าย หมายถึง คณะของพระสงฆ์นิกายเดิมที่มีมาต้้งแต่แรกสถาปนากรุงสุโขทัย
2.คณะอรัญวาสี หมายถึง คณะที่สืบต่อประเพณีพระสงฆ์ลังกาวงศ์ของสุโขทัย
3.คณะคามวาสีฝ่ายขวา หมายถึง คณะสงฆ์นิกายเดิมที่ไปบวชแปลงที่ลังกาในสมัยอยุธยานี้แล้วกลับมาตั้งคณะใหม่ที่รู้จักกันในหมู่ประชาชนทั่วไปว่าคณะป่าแก้ว
ในการปกครองคณะสงฆ์ภายในกรุงศรีอยุธยานั้นมีเจ้าคณะใหญ่ 3 รูป คือ เจ้าคณะคามวาสีฝ่ายขวา เจ้าคณะอรัญวาสี และเจ้าคณะคามวาสีฝ่ายซ้าย เป็นผู้ปกครองบังคับบัญชาพระสงฆ์ของแต่ละคณะ พระมหากษัตริย์ทรงสถาปนาเจ้าคณะใหญ่รูปใดรูปหนึ่งเป็นสมเด็จพระสังฆราช ดำรงตำแหน่งประมุขสงฆ์ทั่วราชอาณาจักร
สำหรับกิจการคณะสงฆ์ตามหัวเมืองช้้นในและชั้นนอกเจ้าคณะใหญ่ทั้งสามรูปแบ่งเขตกันรับผิดชอบ กล่าวคือเจ้าคณะคามวาสีฝ้ายซ้ายปกครองดูแลกิจการคณะสงฆ์ในหัวเมืองฝ่ายเหนือ เจ้าคณะคามวาสีฝ่ายขวาปกครองบังคับบัญชาคณะสงฆ์ในหัวเมืองฝ่ายใต้ ส่วนเจ้าคณะอรัญวาสีปกครองบังคับบัญชาพระสงฆ์คณะอรัญวาสีทั้งในหัวเมืองฝ่ายเหนือและฝ่ายใต้
ตำแหน่งผู้บังคับบัญชาการคณะสงฆ์รองจากเจ้าคณะใหญ่ คือ พระราชาคณะ พระครูและเจ้าอาวาส ปกครองลดหลั่นกันตามลำดับชั้น กล่าวคือ พระราชาคณะปกครองคณะสงฆ์ในหัวเมืองที่สำคัญมาก และในบางหัวเมืองพระราชาคณะผู้ปกครองมีตำแหน่งเป็นพระสังฆราชตามแบบอย่างสุโขทัย สำหรับหัวเมืองที่มีความสำคัญน้อยเจ้าคณะผู้ปกครองดูแลกิจการคณะสงฆ์ในหัวเมืองนั้นมีสมณศักดิ์ชั้นพระครู ส่วนตำแหน่งต่ำกว่าพระครู คือ เจ้าอาวาสวัดต่างๆ
พุทธศาสนากับสังคมไทย 